员工自离，公司能扣的工资仅限于法律允许的损失赔偿部分，每月扣除不得超过当月工资的百分之二十，且扣完不能低于最低工资标准。公司一分不发是违法的，自离不是拒发工资的法定理由，工资该结还得结。自离造成的损失，公司要主张赔偿得拿出证据证明员工存在故意或重大过失、损失实际发生、金额具体、行为和损失之间有因果关系，四项缺一项都难获支持。
