工程款纠纷案件流程包含确定管辖，整理证据材料，立案，调解，开庭审理，裁判执行多个环节。工程款纠纷普通诉讼时效为三年，起算时间需要结合付款约定，工程交付，结算完成状态综合判定。超过诉讼时效并不代表不能起诉，只是权利人会丧失胜诉机会。
